Otonomi daerah lahir dengan tujuan menyelamatkan pemerintahan dan keutuhan negara, membebaskan pemerintah pusat dari beban yang tidak perlu, mendorong kemampuan prakarsa daerah untuk mengejar kesejahteraan masyarakat, namun dalam prakteknya muncul distorsi-distorsi pemahaman yang memprihatinkan. Dalam upaya memperkuat ciri-ciri good governance perlu ditunjang dengan ciri transparansi, akuntabilitas, bersih dari segala bentuk dan kemungkinan penyalahgunaan kekuasaan serta jujur dengan etika. Beberapa kendala yang mungkin dapat menghambat wujudnya prinsip ini tetap ada, di antaranya adalah belum utuhnya pengakuan terhadap pluralisme, masih adanya birokrasi kultur lama dan belum munculnya paradigma baru sebagai TANDINGAN paradigma Orde Baru.